AlphaFold 将蛋白质结构预测带入更易获取的阶段，但预测结构不是实验结果，也不是药物有效性的直接证明。它最适合帮助研究者提出假设、筛选方向并解释已有证据。
它能帮助完成什么
常见用途包括观察可能的结构域、比较同源蛋白、辅助突变位点分析，以及为后续对接或实验设计提供候选构象。使用前要确认输入序列、物种、亚型和复合物条件。
先学会读置信度
不要只看漂亮的三维图。局部置信度、区域间相对位置的不确定性、无序区域和多聚体状态都会影响解释。低置信度区域应被视为假设，而不是缺陷被自动“补全”。
推荐研究流程
- 从可靠数据库确认序列与注释；
- 记录预测所用版本、参数和日期；
- 查看置信度并标注不可解释区域；
- 与已知结构、保守位点和实验结果交叉验证；
- 把结论写成可被实验推翻的假设。
常见误用
预测结构不能单独证明结合、活性、致病性或临床效果；静态构象也无法完整代表动态变化、配体、修饰与细胞环境。涉及药物研发或临床判断时，需要结构生物学、生化与医学证据共同支持。
数据与引用
公开使用结果时，应记录序列来源、数据库条目、模型版本、置信度与访问日期，并遵守相应数据库和工具的许可要求。功能与数据库覆盖范围请以 AlphaFold 官方资源为准。
